Nuestro colegio fue fundado en 1892 por el sacerdote Juan Rerrman, canónigo de la Catedral de Buenos Aires en colaboración con la Sociedad de San José.
La escuela encontró su primer lugar en la calle Brown, en un local de la
familia Valdivieso.
En sus comienzos, fue dirigido por Gerónimo Vergara, maestro paraguayo que emprendió la tarea de educar en compañía de su esposa y otros docentes de la zona.

Luego, el Círculo Católico de Obreros manejó la institución hasta 1917 siendo su director el Sr. Gervasio Pavón.
El párroco de la Villa de Morón, Pablo Darbón y la acción del Obispo de La Plata, Monseñor Juan Nepomuceno Terrero, hicieron posible que el 22 de abril de 1917, la institución pasara a manos de los Hermanos Maristas.
Por entonces, el Hermano Constancien, nombró a cuatro Hermanos para el inicio del curso: Conrado, quien sería el primer Director Marista, Justo, Primiano y Emilio Eleázaro.
Los Hermanos Alicio y Elías Victoriano, fueron los encargados de las reparaciones y arreglos de las instalaciones que por entonces funcionaba en el domicilio actual aunque con dimensiones menores. El lugar había sido la casa veraniega de Monseñor Federico Aneiros.

Con cuarenta y ocho alumnos, la escuela abrió sus puertas y el 21 de julio de 1918, se bendijo e inauguró la primera Capilla del colegio.
La escuela ya tenía ciento cincuenta y dos alumnos y cambiaría la dirección en 1918, con el Hno Justo y en 1919, con el Hno Marcial.
Desde 1919, se instala una tradición: la peregrinación de Hermanos y alumnos al Santuario de Nuestra Señora de Luján.
En 1923, las instalaciones crecen con la compra de las propiedades contiguas que constituyen la base del actual colegio. Se construyen nuevas aulas con la posibilidad de recibir más alumnos. Pasaron distintos Hnos Directores: Ángel, Arcadio, Adrián y el Hno. Godofredo.
En 1933, se optó por ofrecer el Bachillerato. Durante el período del Hno Adrián, se celebraron las Bodas de Oro de la fundación del Instituto San José y las Bodas de Plata en manos de los Hnos Maristas.
Con el Hno Godofredo, continuaron las ampliaciones y la construcción de una nueva capilla en 1945 y esta modalidad continuó con el Hno Conrado.
En 1954, se comunicó al Colegio la cancelación de su inscripción oficial, presentándose simplemente bajo la condición de Academia, situación que luego se modificó al ser derrocado el gobierno de entonces.
En 1957, es Director, el Hno Salvador Iglesias sucediéndole el Hno Lorenzo, y luego el Hno Enrique Marcelo.
Durante los años siguientes continuaron las compras de propiedades cercanas y la ampliación de aulas.
En 1965 se realiza la compra de lo que luego sería el Campo de deportes en Parque Leloir.
En 1966, se hace cargo de la Rectoría, el Hno. Eloy Miguel. El 11 de junio, se celebraron las fiestas del Cincuentenario de la Fundación del Instituto San José recibiendo la visita del entonces Presidente de la Nación, Tte. Gral. Juan Carlos Onganía.
El 15 de agosto de 1967, se inauguró el “Ateneo Marista”, adyacente al Colegio. Asistieron muchos delegados y amigos de los Colegios de la Capital, La Plata y Luján.
El 6 de junio de 1968, se impuso el nombre de Marcelino Champagnat a la escuela N° 93.

Continuaron las obras a lo largo de 1969 y se compró un lote para instalar el Jardín de Infantes sobre la calle Bartolomé Mitre.
En 1970, se construyeron varios ambientes en el Campamento del lago Moreno, adquisición del año anterior.
En 1972, asumió la dirección el Hno. Ruperto y el 3 de abril de ese año, se inauguró la Escuela Técnica gratuita del Instituto.
El 11 de marzo de 1973, se ordenó de presbítero el ex – alumno Carlos Cravenna.
En 1975, año en que se hizo cargo de la Dirección del Colegio, el Hno. Alfredo Orengo, se iniciaron los trabajos para la ampliación del instituto que comprendería cinco niveles: subsuelo, planta baja y tres pisos. En el subsuelo, un salón con capacidad para doscientas butacas. En la planta baja, primero y segundo piso, se instalaron doce amplias clases con galerías y sanitarios en cada nivel. En el Tercer piso, se construyeron las dependencias de la Comunidad, con dormitorios, oratorio, sala de estar, cocina y comedor.

Las nuevas aulas se habilitaron en 1977 centralizándose todos los grados y años en el Instituto San José.
En 1981, llega a la institución como Director, el Hno. Rufino Sánchez quien pone notable dedicación en los alumnos, el deporte y los aprendizajes. El Hno Rufino participó activamente en la Pastoral Educativa de apoyo para las escuelas maristas.
Luego le sucedieron los Hnos. Eutimio, Eutiqiano, Luis Ángel Muñoz y en 1991, regresa a la escuela Hno Rufino que sería sucedido por el Hno Marcos Muzi.
Con la llegada del Hno. Eugenio Magdaleno en el año 1996, la institución recobró fuerzas en los aspectos pedagógicos marcando un rumbo a seguir en cuanto a la calidad educativa y la articulación de los contenidos. Por entonces, comenzarían a florecer y crecer bajo su atenta mirada, varios grupos solidarios.

En la Capilla de la institución, era habitual el encuentro del Hno. Eugenio con los diversos grupos de alumnos del entonces secundario. Ojalá que las hermosas palabras dichas, permanezcan en los corazones de los ex – alumnos maristas.
El año 2002 marcó el inicio de un cambio que aún hoy en 2003, se está gestando. Comenzó con la llegada a la Dirección del Instituto del Hno. Carmelo Maggioni y sobre la base construida, dio señales para revitalizar a la Comunidad Educativa poniendo la mirada en los alumnos y su realidad. Cambios de autoridades, definición de roles y descentralización, aprender a observar y a escuchar para encontrar la respuesta justa. Comprender que el camino estará siempre cerca del Ideario Marista y del sueño de San Marcelino, pero también saber que es necesario caminar para seguir adelante.
En la actualidad, los Hermanos Ángel Duples, Director de EGB, el Hno Delfín, el Hno. Carlos Otero, Coordinador de Pastoral y el Hno Adrián, Director de la Escuela Técnica, acompañan al Hno. Carmelo en esta nueva etapa de la escuela.

Vista del Instituto San José

“Es muy agradable el veros a todos reunidos formando un solo corazón y una sola alma, no constituyendo más que una sola familia, no buscando todos más que la gloria de Dios y el interés de su santa religión, luchando todos bajo el mismo estandarte, el de la augusta María.”

Marcelino Champagnat.